Sebelumnya, Kang Emil mengungkapkan pemerintah menyoroti tiga hal dalam permasalahan Al Zaytun. Yakni terkait potensi pidana yang mungkin terjadi dalam permasalahan itu, langkah administratif yang sudah disiapkan Kementerian Agama (Kemenag) dan penanganan kondisi sosial dan politik.

Kemenag juga sudah memersiapkan kebijakan untuk mengatasi para santri Al-Zaytun jika nantinya lembaga pendidikan itu dikenakan sanksi.